水利水电工程监理是一个由多学科、多专业构成的技术密集智能型组织，是我国改革开放后发展起来的新兴行业，对提高工程质量、控制投资和工期、监督安全文明施工发挥了重要作用，提高了工程建设水平。
（一）对监理工作认识不足
目前在部分建设单位的决策层中，对于建设单位决策人干预监理，建设单位与监理单位不能相互协调，双方之间，在对实行工程监理的意义及其重要性还缺乏科学认识，许多水利工作者也对监理工作的认识不到位，共同的感觉是一种迫不得已行为，根本没有认识到监理工作的职责和双方的利益关系。大家只是认为，这是应付上级部门的检查或领取施工许可证，也有一部分人只是把监理工作当作是检查质量的工具，这是由于我国开始实行工程建设监理制较晚，许多人还对监理存在模糊认识。
（二）建设单位盲目干预
作为工程建设市场的三大主体之一，监理理应发挥重要的作用。提高项目投资决策的科学化水平，避免项目投资决策的失误，努力实现建设工程投资综合效益最大化；向建设单位提出适当建议，避免发生建设单位的不当建设行为，在建设工程实施过程中对工程建设参与各方的建设行为也要进行约束。但工程建设中，重设计、重施工、轻监理的观念仍然普遍。有些建设单位及施工单位对监理单位职责没有正确的认识，在监理过程中截留应赋予监理的职权、盲目干预，使得监理工作权力不到。在施工期、施工队伍、施工材料方面的选择存在一些问题影响到监理工作，令监理工作正常开展受到一定困扰。
（三）水利水电工程监理人才短缺
由于监理总体目标的实现有赖于监理总体布置和科学管理，是一种高智力的劳动，因此该机构要求各类技术人员在数量、业务能力、专业搭配上合理，特别是对总监理工程师的技术水平、业务能力、组织协调能力有较高的要求。据了解，目前仍有部分监理公司不能独立于原单位，有监理任务时就临时拼凑人员，而被拼凑的人员往往缺乏必要的经济管理知识和法律知识，运用现代管理手段提高工作质量和工作效率的能力较低，同时离退休人员多，监理人员构成难以稳定；而拥有较高专业技术水平、较强组织协调能力、较丰富管理经验的人才难以引进，致使公司及其人员的素质总体水平较难提高，不利于公司的长远发展。监理单位要想在激烈的市场竞争中立于不败之地，必须在加强管理工作的同时，重视培养人才，引进人才，以增强自身实力，从而达到内强素质外塑形象的目的。
（四）水利水电工程监理手段落后
监理单位技术装备和检查手段落后。落后的技术装备和检查手段，使得一些质量隐患不易被发现而发展成为质量问题。比如，施工中使用的很多建筑材料，在用于工程施工以前，除了必须同步提供质保材料和准用材料以外，有的还要进行实验室试验，有的必须用一定的仪器设备进行复查，由于装备和手段原因导致被忽视的材料质量问题同样会引发的工程质量事故。
（五）水利水电工程监理费取费标准低
监理费取费标准目前执行的是2007年国家发展改革委、建设部关于印发《建设工程监理与相关服务收费管理规定》，相比设计、勘察等收费标准，监理收费标准过低。例如，某位设计人员设计一个渠道渡槽，工程造价100万元，按设计收费标准，设计费4.5万元，设计工作时间1个月；而同样是该设计员去做渡槽工程施工监理，监理费最多只有2.5万元，而监理时间长达4个月，月均0.625万元，占设计费的14%（约七分之一）。
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