水利工程监理制度是一项科学的管理制度。实践证明,国家实行监理制对于加强工程建设管理、控制工程质量、工期和投资、确保工程安全、提高工程效益具有十分重要的作用。但是，从水利工程监理的角度来看，也存在一些不容忽视的问题。涉及工程建设的有关单位不能按照国家规定、施工程序、规定和技术标准做好工作，使监理的作用受到很大限制。
由于各种原因，我国水利工程监理仍处于一个连续的过程，需要一套行之有效的程序体系作为保障。水利工程监理工作还存在诸多问题，制约了水利工程监理工作的开展。
存在的主要问题有:
1）对监理工作的作用认识不足。目前，水利工程的直接投资者大多是各级人民政府。由于政府水利部门长期没有进行相应的人员建设，他们对水利工程监理的片面认识严重滞后。许多水利部门认为，水利工程监理是贯彻国家水利建设法律法规的一项迫在眉睫的行动。
在水利工程建设监理过程中，往往把监理作为检验质量的工具，成为应对上级检查的一种表面活动。水利工程承包人不愿意接受工程监理的。这是因为施工进度不仅受工程监理要求的影响，而且还会增加工程造价。
因此，施工人员往往千方百计地监督人际关系，造成工程施工管理混乱，许多施工方案无法有效实施。
2）监理人员素质有待提高。水利工程监理的基本任务是“三控两管一协调”，根据国家建设法律、法规的有关规定，承担水利工程建设监理任务的单位必须严格按照委托合同规定的监理任务成立工程监理机构，工程监理实行总监理工程师负责制。
监督活动是一种受监督的主观活动，是一种智力劳动。因此，监理人员的素质要求更高，特别是总监理工程师。但目前，在水利工程建设监理过程中，许多监理单位不能完全独立于原单位，许多监理单位和施工单位都隶属于一家公司，导致了各自的监理情况。监理人员临时拼凑，不具备必要的经济管理和法律知识，也不具备相关水利工程的监理经验。水利工程监理质量和工作效率很低，组织协调能力差。
