监理工程师对工程费用（成本）的控制，就是对工程费用的支付实行监督和管理。费用控制的核心是对承包商已完成的工程进行计量和支付，它是确保工程质量和进度的重要手段。工程付款，通常采用的单价为基础的支付方法，因而，监理工程师要对工程量报价单所列的各项费用计量作好监控和支付，同时，监理工程师还应对变更、索赔、意外风险等方面的费用及费用的调整做好监督与管理，尽管避免和减少不必要或不合理的费用支付。
工程量报价单中所列的工程量仅是某项工程的预估数量，支付则应根据实际发生的量按合同规定支付。另外，对工程变更、计日工、索赔等都应进行定量或计量，因而，合同管理的费用控制，说到底就是对工程进行计量。工程的计量工作，视合同的规定而定，可以由承包商实施，计量时监理工程师派代表参加并进行监督，也可以由监理工程师实施，计量时承包商派代表参加，也可以由监理工程师和承包商均委派合格人员在现场共同进行计量，切忌监理工程师和承包商各搞一套。无论采取何种方法进行工程计量，其结果都必须经监理工程师和承包商双方签字认可，以免引起不必要的争议。如果合同规定计量工作由一方实施，另一方派员参加，若另一方在收到进行计量的通知后不参加或未派人参加计量工作，则实施方进行的工程计量，应认为是正确的计量，另一方不能对此计量提出异议。
在合同实施过程中，监理工程师的现场人员应清楚正在进行的分项工程的施工计划，还应做好施工情况的记录，这不仅为进度控制提供第一手资料，而且有些记录可以作为付款的依据，有些记录对解决纠纷也相当重要。有关计日工、劳力、材料、机械设备的实际使用情况的记录，还可能涉及到合同价格的调整和索赔，亦应妥善保存，因为这些都与费用控制有关。监理工程师对材料工艺的检查试验并批准，量测或核实建筑物的实际尺寸，应作为承包商的施工是否符合设计和规范例行检查的一部分。检查员应每天编制混凝土浇筑、钢筋、模板等情况的检查报告，合同人员得到这些资料后审核承包商的中期付款要求，签发付款凭证。
水利水电工程监理公司表示，监理工程师应充分认识到费用控制对工程进度和质量所起的作用，其意义不仅仅在费用控制本身。监理工程师应特别注意对某一工程或工作（如混凝土开盘）施工前的准备工作、关键工序、质量控制点的监督和检查。总之，监理工程师应随时注意施工质量，及时解决质量问题，利用签发支付凭证的最终重要手段，对不合格的工程或工作坚决拒绝。
