实务中施工各方对监理合同的重视度远低于施工合同。监理合同纠纷案件数量相较于施工合同纠纷，数量较少，但是存在的问题却不少。
（一）监理合同与招投标文件不一致，合同履行过程中矛盾不断
实务中，监理合同存在较为突出问题是当事人签订的监理合同与招投标文件不一致。如：招投标文件确定的监理服务期是n个月，缺陷责任期24个月。但监理合同约定的监理服务期为：同施工合同工期。然因施工合同签订时间晚于监理合同，便会出现施工合同工期少于招标文件约定时间的情况。一旦出现工期延长，双方便会就监理费问题产生纠纷。
（二）监理合同专用条件对合同解释顺序的约定未能综合考虑合同整体，导致条款之间产生冲突
以《建设工程监理合同》（示范文本gf-2012-0202）为例，第二部分通用条件及第三部分专用条件第1.2.2对合同文件解释顺序作出约定。实务中存在专用条件重新调整文件解释顺序时欠缺对招投标文件及合同附件的综合考量，导致合同严重失衡或条款之间冲突。如：通过专用条件或补充条款重新约定的事项，解释顺序反而滞后，导致重新约定失去优先性。
（三）附加工作酬金约定与支付问题
除了监理服务费用外，监理合同中还有延期监理费和额外费用、奖励费用等建设单位需要根据具体发生情形另行支付的费用。《建设工程监理合同》（示范文本gf-2012-0202）第二部分通用合同条件及第三部分专用合同条件第6.2.2项，是在监理服务延长期限内所做的正常工作以外的监理工作，被视为附加工作。对于附加工作酬金是否支付，专用条件与通用条件应当约定一致，但是很多监理合同却对此忽视，往往前后约定不一致、且与招投标文件也不一致，导致费用支付产生分歧。
（四）监理人员的委派与更换问题
监理合同附录b是委托人派遣的人员和提供的房屋、资料、设备清单，监理单位应当依据该清单委派监理人员。但实务中，因监理单位专业性问题和建设施工周期长等因素，监理单位往往不能按合同约定委派人员或频繁更换监理人员，影响监理工作开展。
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